Để tạo bất ngờ, Kaiten dự định tiến vào cảng Miyako với cờ Mỹ. Không thể tiến nhanh hơn 3 hải lý/h vì trục trặc động cơ, Takao bị kéo lê ở sau, và Kaiten tham chiến đầu tiên.

Kaiten tiến đến các tàu địch và kéo lên cờ của Cộng hòa Ezo vài dây sau khi đáp lên tàu Kōtetsu. Kaiten đâm mũi tàu vào hông tàu Kōtetsu, và bắt đầu nổ súng. Boong tàu Kaiten cao hơn Kōtetsu đến 3m, buộc các samurai phải nhảy từng người một. Sau khi bất ngờ ban đầu trôi qua, Kōtetsu đẩy lui được cuộc tấn công bằng súng máy, khiến bên tấn công bị thương vong lớn. Phần lớn các samurai tấn công bị quét sạch; Nicol bị trúng hai viên đạn, và chỉ huy đội tấn công Koga Gengo từ trận và vị trí của ông được Đô đốc Arai Ikunosuke thay thế. Trong lúc đó, Kaiten bắn bị thương 3 tàu chiến địch, nhưng cuối cùng phải ngưng chiến mà không chiếm được tàu Kōtetsu.

Kaiten ra khỏi vịnh Miyako, theo sau là các tàu của triều đinh (đã làm ấm động cơ từ trước khi cuộc tấn công nổ ra), đúng lúc tàu Takao tiến vào. Kaiten cuối cùng chạy được đến Hokkaidō, nhưng Takao quá chậm để bỏ lại những tàu đuổi theo và bị cho lên cạn không xa cách vịnh Miyako, để thủy thủ đoàn có thể chạy thoát lên đất liền. 40 thủy thù (bao gồm 30 samurai và cựu sĩ quan Pháp Eugène Collache) chạy trốn được trong vài ngày, nhưng cuối cùng đầu hàng quân đội triều đình. Họ bị đưa đến Tokyo cầm tù và xét sử. Mặc dù số phần của những phiến quân Nhật Bản không rõ, Collache cuối cùng được ân xá và bị trục xuất về Pháp.